К  договору прилагалось несколько секретных протоколов. Эти протоколы определяли порядок совершения обмена советскими и германскими гражданами между обеими частями разделённой Польши, закрепляли зоны центрально-европейских «сфер интересов» в соответствии с Пактом Молотова – Риббентропа, а также устанавливали обязательство сторон пресекать любую «польскую агитацию».
Согласно договору, Правительства СССР и Германии, после распада бывшего Польского государства, рассматривают исключительно как свою задачу – восстановить мир и порядок на этой территории и обеспечить народам, живущим там, мирное существование, соответствующее их национальным особенностям.
В  ходе вторжения в Польшу немцы заняли Люблинское воеводство и восточную часть Варшавского воеводства, территории которых в соответствии с Пактом находились в сфере интересов Советского Союза.
Для того, чтобы компенсировать СССР эти потери, был составлен еще один секретный протокол к договору, в соответствии с которым Литва, за исключением небольшой территории Сувалкийского района, переходила в сферу влияния Советского Союза. Этот обмен позволил СССР занять Литву 15 июня 1940 года и основать Литовскую ССР.
После нападения Германии на Советский Союз 22 июня 1941 года данный договор, так же как и все остальные советско-германские договоры, утратил силу.