Распоряжением Правительства РФ от 7.3.2008 года № 283-р[7] с 1 сентября 2008 года в ведении Министерства обороны создаётся федеральное государственное военное образовательное учреждение высшего профессионального образования «Военно-воздушная академия имени профессора Н. Е. Жуковского и Ю. А. Гагарина». Новое учебное учреждение создаётся путём реорганизации в форме слияния находящихся в ведении Минобороны России Военно-воздушной инженерной академии имени Н. Е. Жуковского и Военно-воздушной академии имени Ю. А. Гагарина с расположением в подмосковном Монино.
С исполнением данных распоряженийПравительства в 2009 году и слиянием „Жуковки“ и „Гагаринки“ история ВВИА им. Н. Е. Жуковского завершилась. При передаче учебной базы и дел академии в ВУНЦ ВВС ВВА было сокращено более половины преподавателей.
Петровский дворец, в течение 75 лет бывший главным корпусом, сердцем и одним из символов академии, был передан в ведение мэрии Москвы.