Сфероиды и ствижженое

https://m.youtube.com/watch?v=4g_1_AWOVpI&

Для разнообразия #фотожаб делали не авторы статей в топовых журналах, а аутсорс лаба, куда они посылали мозги (и деньги)

Смешное: "лаба" расположена на втором этаже торгового центра где-то в Сан Диего.
Не смешное, но ожидаемое: авторы статей делают вид, что это не их проблемы.

Эксперимент!
Максимум всратости. Пол - единственное плоское и немагнитное место, на которое можно безопасно поставить нехилую такую магнитную систему.

Красная подсветка - потому что так сексуальнее.

Для всех любителей Альфафолда и прочих Больцев - серьезные разработки от Сергея Овчинникова (профессор MIT, автор многих замечательных статей по компьютерным методам в структурной биологии)

https://m.youtube.com/watch?v=3R6VsFNdqdE

Шолто Давид завёл себе ютуб канал! Это, если что, один из ключевых людей в движении борьбы с научными фотожабами. Историю с антителами, и много ещё других мрачных штук, он раскопал

Когда б вы знали, из какого сора растут статьи, не ведая стыда

Спойлер: статья из скриншота вовсе не про химию!

Разве для публикации статьи всегда нужны эксперименты? Вовсе нет! Ловите лайфхак: просто описываете клинический случай, когда пациент приняв водку пассатижами выдрал у себя зуб. И статья в кармане!

#microscopy

Мало нам геномики, протеомики, липидомики и прочих - подьехала митохондриомика!

Авторы статьи взяли терабайты 4D (3D + время) изображений митохондрий в клетках, обработанных разными веществами, и обучили на этом нейросетку MitoSpace. Она предсказывает функциональные особенности митохондрий из их внешнего вида.
Красиво видно, кстати, все разнообразие их форм и размеров

Потыкать можно на их сайте mitospace.ai
Код на гитхаб, модель на хаггингфейс.

PS. Митохондрии, в норме, это червячки! Биологи и медики, от студентов до директоров, хронически не узнают их на картинках. Думают, что митохондрия выглядит как пухлая булочка из классических учебников.

#WUT #ствижженое

Недавно была громкая новость о оцифровке мозга коннектома мухи.

Короче.. На нем сыграли Bad Apple. Вероятно Doom на очереди.

#microscopy

Актиновая часть цитоскелета мышц - удивительно красивая, интересная и сложная штука. И довольно долго он сопротивлялся визуализации через экспансионную микроскопию, хотя очень хочется посмотреть на его ультраструктуру во всех деталях.

Самый доступный и популярный способ красить f-актин - использовать фаллоидин, токсин бледной поганки, однако он абсолютно не совместим с экспансией - разваливается и утекает вместе с белком на стадии переваривания ферментом.

Недавно авторы из Индии предложили конструкцию с использованием ALFA-тага, который переживает процедуру экспансии и позволяет визуализировать цитоскелет.

Интересное в статье: они использовали неферментативный способ деструкции белков - варили их в SDS

Продолжаем рубрику: #чтение_на_вечер

Почему-то все знают "Surely You're Joking, Mr. Feynman!", а отечественных книг подобного плана и души знают существенно меньше (особенно молодежь). Исправляем. // накидывайте подобного в комменты

В этот раз известнейшее (в узких кругах) произведение о физтехе (ФТИ им. Иоффе РАН).

https://lib.ru/NEWPROZA/LEVINSHTEIN/fti.txt

Превью:

Приказ No 14

по комнате 000

&1. Довожу до сведения всех ученых список проблем, нуждающихся в
решении, с указанием соответствующего вознаграждения.
1. Какова природа дробных ступенек в квантовом эффекте Холла ?
Занесение в книгу почета

Какова природа шума 1/f ?
Швейная машина с ножным приводом

3. В каком случае кофе больше остынет: если положить сахар сразу или
непосредственно перед выпиванием ?
Чашка кофе

4. Почему скорость реакции образования карбонида никеля осциллирует как
функция магнитного поля ? (ЖЭТФ, 67, 2326, (1974))
Бутылка сухого вина

5. Имеет ли уравнение xn+yn = zn решение при целых x,y,z и n>2 ?
(Задача Ферма
Бутылка коньяка

6. Почему пузырек, оторвавшийся от дна чайника, всплывает не
вертикально, а по спирали ?
3 руб.

7. Каково было состояние вселенной до Big Bend'а ?
Присвоение очередного звания

Какова природа сухого трения ?
Бутылка портвейна

9. Как путем последовательных делений из одной клетки получается
человек ?
Румынский комплект детского белья

Нейтрон влетел в GaAs и столкнулся с ядром Ga. Какова вероятность
рождения при этом электронно-дырочной пары ?
Духи "Кармен"

11. То же при столкновении с ядром As.
Одеколон "Шипр"

12. Какова природа шаровой молнии ?
Бесплатная путевка в д/о "Зеленый Бор" (Зеленогорск) на ноябрь

&2. Во избежание злоупотреблений решения указанных в &1 задач сдавать в
запечатанных конвертах под девизом.
Ответственный за комнату
подпись
22 декабря 1982 г.

Когда приходят новые студенты и ты у них что-то спрашиваешь:

Обожаю, когда игра слов на английском выливается в забавное на русском

Встречайте новый проект:

Периодическая Таблица Плазмы

https://plasma.bagelgen.com

Это визуальные репрезентации плазменной формы для большинства элементов периодической таблицы, полученные в процессе исследования плазмабубликов и Багельгена.

Часть элементов пока не задокументирована - они в ближайшей очереди: цинк, хром, никель, висмут, ртуть и тд;

С некоторыми непонятки или сложности - кислород, сера, фосфор, селен, сурьма, бериллий...

Не имеющие стабильных изотопов, а также драгметаллы, по понятным причинам не планируются.

*

Насколько Зергорию известно, ничего подобного в интернетах ранее не существовало.

Теперь есть.

#bagelgen

Генная пушка это одна из самых крутых и брутальных вещей, что есть в биологии. Как нам загнать новые гены в нужные клетки? ПУШКА.
Цепляем ДНК на вольфрамовые частицы и СТРЕЛЯЕМ В ОБРАЗЕЦ. Некоторые частицы случайно попадут в ядро и некоторые клетки случайно выживут.
Да, разумеется её изобрели в США.

Нате вам DIY версию из эйрсофт пистолета

Друзья, у меня новость, прошу вас максимальный репост!

Наш многолетний труд по разбору укоренившихся сомнительных статистических практик перешел в очередную фазу!

В журнале "Альманах клинической медицины" вышла наша первая программная публикация - "Мифологизация статистики в биомедицинских исследованиях". Нашей основной задачей было создание прецедента в русскоязычной научной среде, приглашение сообщества к широкому обсуждению проблемы, а также создание корпуса официально опубликованных материалов, на которые можно было бы ссылаться при дискуссиях с рецензентами и авторами статей.

Если вас заставляют тестировать на нормальность и проверять "достоверность" результатов - знайте, что теперь вы не одиноки и вам есть на что сослаться :) Большое спасибо моим соавторам, взявшим на себя этот большой труд - @slavenkofm @o_mironenko @bqmaks ❤️

Ссылка на статью:
https://almclinmed.ru/jour/article/view/17669/1789

P.S. В настоящее время готовяться к публикации следующие статьи из данной серии. Не переключайтесь! :)

Не устаю напоминать, что #фотожаб это не только продукт работы нечестных авторов статьи, но и редакции журнала, который её пассивно принимает.

А в этом случае даже и активно. Копипаст на гистологии был замечен аж в 2022 году, а недавно к статье вышла коррекция, где один фотожаб был заменен на другой, чуть более убедительный. С комментарием "performed to enhance the visual appearance of the images".

Все, кто работают с антителами знают это неизбывное чувство лотереи: сработает оно или не сработает. Или у тебя кривые руки?

И вот когда начинался скандал с фейковыми иллюстрациями блотов антител Термо у многих возникло ощущение, что это только вишенка на хтоническом какашечном торте.

Так и оказалось. Глобальный поиск по сайтам производителей выдал 18000 #фотожаб. И это только в блотах, в ИГХ/ИЦХ наверняка ситуация не лучше.

Разумеется, то что блот сфотожаблен не значит, что антитело 100% нерабочее, но..

Для удобства поиска есть репозиторий, можно сыграть в сомнительную игру "О, а я этим красил".

Коллеги, натурный эксперимент (n=1) показал, что семилетний ребёнок успешно может работать в ламинаре, в том числе расставлять носики и пересаживать клетки.

Так что если у ваших студентов сложности...

#microscopy

Как много микроскопических штук можно сделать с одним мозгом?
Намного больше, чем я ожидал.

Сначала в мозг мыши ввели вирусы, которые заставили её экспрессировать белки - зонды на кальций, что позволило изучить там как распространяется сигнал.
Другой вирус - и нейроны начали экспрессировать GFP, который позволил изучить структуру мозга, как живьём маленького кусочка, так и после оптического просветления уже целиком (вне мыши).

И наконец при помощи пространственной транскриптомики был изучен профиль РНК в нейронах.

Конечно подробно был изучен всего 141 нейрон, но зато эта методика позволяет изучать и структуру и активность и генетику!

83% радиологов не нашли в лёгких гориллу.

Не то, чтобы это было частым явлением в клинической практике, просто в статье 2013 года ученые изучали насколько человек готов к ВНЕЗАПНОМУ.
Как оказалось - не очень. Не только радиологи, разумеется. Причем судя по трекингу взгляда люди прямо смотрели на неё, но не увидели.

PS. Да, она есть на этом КТ.

#datavis

Смотрите, юмапозавр