Вопрос: Можно ли в domain слой добавлять классы со специфичными ORM атрибутами если ORM плохо поддерживает генерацию POCO классов? Надо ли воевать с этим?

Этот вопрос из "высших" материй, потому что чистота доменной области на практике постоянно нарушается. Доменная область далеко не всегда "стерильна". Например, такие шаблоны как ActiveRecord легко могут просачиваться в доменную область и это не считается чем-то ужасным.

При этом утилитарные классы (т.е. классы которые непосредственно реализуют функцию ORM) просачиваться точно не должны, но классы, которые могут нарушить инкапсуляцию через использование атрибутов ORM (по сути раскрыть доменному слою как физически хранятся данные) , я бы в крайних случаях пропускал.