В период руководства СВР Фрадковым произошел самый крупный провал в истории российской внешней разведки — аресты в 2010 году сразу десяти российских разведчиков-нелегалов, наибольшую известность из которых приобрела впоследствии Анна Чапман. Большую часть из разоблаченных агентов СВР наряду со шпионажем власти США обвинили также в сговоре с целью отмывания денег. В итоге они были обменены на четырёх российских граждан, осужденных за государственную измену — учёного Игоря Сутягина, бывшего полковника ГРУ Сергея Скрипаля, бывшего сотрудника российских спецслужб Александра Запорожского, а также бывшего офицера КГБ и бывший заместитель начальника службы безопасности телекомпании «НТВ-Плюс» Геннадия Василенко, осуждённого за незаконное хранение оружия.

После «обмена шпионами» газета «Коммерсантъ» опубликовала расследование о том, что к провалу СВР привело бегство полковника Щербакова, долгое время служившего в СВР начальником американского отдела управления «С», ведающего работой с нелегалам. Тогда издание утверждало, что в процессе расследование провала, которое ведется при участии сразу нескольких российских силовых ведомств, включая ФСБ, обсуждается реформа российских спецслужб. По словам источника «Коммерсанта», в кремле тогда обсуждалось слияние СВР и ФСБ, по примеру советского КГБ, где управление внешней разведки было одним из подразделений.

«Выделение СВР из КГБ все больше критикуют. Активным сторонником обратного процесса среди прочих является глава Совбеза Николай Патрушев. И опять поползли слухи о смене Фрадкова на неравнодушного к делам разведки Нарышкина», — утверждал тогда собеседник «Коммерсанта».

В 2011 году российские информационные агентства со ссылкой на источники в спецслужбах распространили сообщение о том, что арестованных в США сотрудников действительно выдал высокопоставленный перебежчик из СВР — заместитель начальника американского отдела Управления «С» (нелегальная разведка). Только, по версии агентств, настоящее имя перебежчика не Щербаков, а Александр Потеев. Он бежал из России за несколько дней до начала июньского визита в Вашингтон тогдашнего президента России Дмитрия Медведева. «Новая газета» в своем расследовании связывала Потеева с отмыванием денег коррумпированных чиновников и силовиков.

В 2011 году британская газета The Times опубликовала материал, в котором кризис в российских спецслужбах объяснялся тем, что российские власти в очередной раз пытались реформировать силовые структуры, разрушая устоявшиеся традиции. Якобы Владимир Путин — тогда премьер-министр — пытался объединить ФСБ и СВР. По версии издания, это привело к соперничеству двух ведомств и тайном противостоянии друг с другом. Так, во внешней разведке негативно восприняли расширение полномочий коллег из ФСБ, когда в 2003 году Путин своим указом предоставил ФСБ право проводить собственные операции за рубежом.

За три дня до объявления о смене Фрадкова на Нарышкина «Коммерсантъ» опубликовал материал о грядущей реформе силовых ведомств и создании Министерства госбезопасности, которое объединит СВР и ФСБ.

http://m.gazeta.ru/politics/2016/09/22_a_10210121.shtml