В Simply Linux, как и в других ОС "Альт" применяются превентивные меры по обеспечению безопасности: модуль LSM (Linux Security Module), который реализует запрет хранить вместе с программами на интерпретируемых языках пользовательские данные. Это позволяет исключить запись данных в ту область, где лежит код, и сделать ее доступной только для чтения, что повышает защищенность системы в целом.
Эта разработка «Базальт СПО» – первая в мировой практике разработки Свободного ПО.

Для работы с паролями пользовательских входов используется схема TCB, в которой при добавлении новой учётной записи добавляется новая строка в файл /etc/passwd, новый подкаталог /etc/tcb/имя и файл shadow в нём.