Гуглоид Джон Мюллер подтвердил наличие кратковременной ошибки, во время которой в отчетах об индексации Google Search Console страницы, которые фактически проиндексированы, помечались как не проиндексированные.

"Я перепроверил с командой, и это была небольшая неполадка, которая быстро устранилась ночью (до появления этих сообщений). Хорошо, что легко перепроверить такие вещи, как индексация главной страницы. Извините за введение в заблуждение!"

Вроде как на данный момент пофиксено.