Высокопроизводительное секвенирование позволяет находить патогенные мутации, изучать экспрессию генов или расшифровывать древнюю ДНК. Хотя этап секвенирования библиотек объедиалняет NGS-методы, в остальном они могут сильно различаться. Например, где-то мы хотим получить равномерное покрытие генома, а где-то, наоборот, стремимся к ярким пикам. Что для одного протокола может быть важным биологическим сигналом, для другого — признаком серьезных проблем.
Поэтому контроль качества сырых прочтений и процедуры картирования — важные начальные шаги, от которых зависит последующий анализ и адекватность конечных выводов. Какие показатели почти всегда указывают на артефакты, а когда нужно обязательно учитывать метод?
20 августа Бластим приглашает на бесплатный вебинар, где вы научитесь читать NGS-данные и использовать разные характеристики ридов для интерпретации эксперимента. Разбираться будем на примере технологий эпигеномики, таких как ChIP-seq, ATAC-seq и других.
Спикер: Александра Галицына, опытный специалист в эпигенетике и 3D-геномике
В программе:
➜ Всегда ли нестандартный QC-профиль — это плохо?
➜ Чем отличается работа с одним ридом и с парой?
➜ Почему картирование дает отнюдь не только координату в геноме?
➜ Как перейти от сырых данных к осмысленным выводам?
Регистрация по ссылке: https://t.me/BlastimWeb_bot?start=sberloga
Если не работает, то тут: https://agency.blastim.ru/ngs#galitsyna
Не пропустите встречу, если хотите разложить всё по полочкам. Идеально для начинающих биоинформатиков и интересующихся эпигенетикой!