Когда пользователь удаляет не просто сообщение, а полностью диалог - телеграм не шлет инфу об этом и оно не отображается в боте.
Список ваших диалогов можно полностью глянуть тут:

Посмотреть удалённые диалоги

И кстати, у нас появился ИИ-бот
Чтобы взаимодействовать с ним в любом чате - напишите:
@SaveModAiBot *задайте любой вопрос*
И заходите в чат ИИ-бота

Оригинальный бот SaveMod.

SaveMod 2.0 - работает в группах.