Представим, как может выглядеть «правильная» заглавная Я. Очевидный кандидат — уставная Ѧ и ее поздние варианты. Вспомним, что прописные буквы могут расширяться книзу или кверху, не имея строго вертикальных границ: A, L, T, V. Наша Ѧ из того же ряда. Она чуть сложнее, но если с ней поработать, можно добиться приемлемой формы. Причем возможны (и необходимы) варианты, напоминающие гражданскую Я, на зря же генетически это одна и та же буква.

Ещё один аргумент в её пользу. В любой письменности есть буквы, которые составляют графические рифмы, то есть схожи по форме. Например, это EF, PR, OCG, VW, KR. В кириллице это были треугольные АДЛѦ, которые в гражданском шрифте потеряли рифму. А осталась почти как есть, ДЛ прямоугольные. Буквы АѦ составят хорошую пару.

В качестве строчной подойдет обычная я, лучше с выносным элементом, которых сейчас так не хватает.