Всё вышесказанное говорит о том, что Pantheon может быть кроссплатформенным и вопреки некоторым заявлениям пакеты не «прибиты гвоздями» к Ubuntu. Однако стоит отметить и существование глобальных проблем, которые мешают кроссплатформенности.

Самая главная проблема — несоответствие версий GTK. Это ломает темы оформления и приводит к некоторым серьёзным ошибкам в системе. Pantheon работает на базе GTK 3.18, в то время как Fedora поставляется уже с GTK 3.24. И пока elementary OS строится на базе Ubuntu LTS, решить эту проблему практически невозможно.