Если вы пользуетесь браузером от Mozilla, то скорее всего при каждом запуске он создаёт в вашей домашней директории папку «Desktop». Зачем он это делает я так и не смог понять, однако существует способ заставить его больше так не делать.
Для этого добавьте в файл
~/.config/user-dirs.dirs следующую строчку:XDG_DESKTOP_DIR="$HOME/"
После сохранения изменений проблема должна решиться.