Из всех флагов только -s действительный:

-s S, --setup=S
statement to be executed once initially (default pass)

Для указания кода настройки в режиме командной строки применяется строка после флага —s (или несколько в случае многострочного кода настройки), а в режиме вызовов API-интерфейса — аргумент setup. В итоге тесты можно ориентировать более четко, например, выносить инициализацию списка выносится в код, чтобы измерять
время только итерации:

python3 -m timeit -n 1000 -r 3 -s "L = [1,2,3,4,5]" "M = [x + 1 for x in L]"

Подробнее в документации