Сейчас происходит серьёзное развесистое обсуждение инициативы по запрету удаления пакетов из PyPI.

Это, как вы понимаете, после недавнего инцидента, когда разработчик удалил свой популярный пакет в попытках сбросить счётчик скачиваний, чтобы обойти требование по настройке 2FA. Это, конечно, была проблема не масштабов left-pad из NPM, когда полыхало на весь интернет, но агония длилась около 10 часов и тоже много кого затронула. Получилось неприятно.

Кстати, PyPI находится в меньшинстве — в числе индексов, которые позволяют удаление пакетов и файлов. Вероятно, для этого нет каких-то веских причин, а скорее это из-за того, что PyPI появился ещё во времена, когда люди не думали о том, что подобные проблемы с зависимостями в принципе возможны (2003 год).

Кажется, что все более продвинутые индексы пакетов либо уже пришли к этому решению, либо изначально не давали такой возможности. И PyPI тоже рано или поздно придёт.