Альфафолд несомненно облегчил жизнь структурных биологов, и мы привыкли, что если он дает "уверенное" предсказание, то модели можно верить.

Однако, есть классы задач, для которых это по-видимому не так. Исследователи из Австралии проверили предсказания для транскрипционных факторов с лейциновыми зипперами (застежками) и обнаружили, что димеры уверенно предсказываются даже тогда, когда из эксперимента известно, что белки не взаимодействуют, как например для гомодимеров FosB-FosB.

По-видимому, на Альфафолд влияет наличие большого количества зипперов в обучающей выборке, а также неспособность честно оценить физическую энергию (отрицательно заряженные FosB должны бы были оттолкнуться).

Статья есть в открытом доступе: https://doi.org/10.1002/pro.70438