Одной из важных задач структурной биоинформатики является поиск структурных мотивов, образующих активные и регуляторные сайты, сайты связывания и т.д. Их поиск часто осложнен тем, что мотив может быть образован аминокислотами, принадлежащими разным элементам вторичной структуры, с разным количеством аминокислот между ними в разных белках. Соответственно, если белки-мишени не являются близкими гомологами (например, схожие сайты возникли благодаря конвергентной эволюции), обнаружить сходство становится очень вычислительно трудоемкой задачей, особенно если хочется искать по всем доступным структурным моделям, а не только PDB.

Ранее, лаборатория проф. Martin Steinegger разработала ультрабыстрые алгоритмы для поиска гомологов по последовательности (MMseqs2) и поиска фолдов (FoldSeek). Теперь ими представлен и инструмент для поиска мотивов - FoldDisco. Искать можно через сервер https://search.foldseek.com/folddisco или самостоятельно.

Ссылка на препринт: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2025.07.06.663357v1