Многие группы в белках и малых молекулах могут терять или приобретать протон в зависимости от окружающих условий. Значение pH, при котором соответствующая химическая группа протонирована в половине случаев, называется pKa, и определяет ее сродство к протону - грубо говоря, если рН выше pKa, то протона не будет, а если наоборот - будет.

На иллюстрации - инфографика от блога Making Molecules. Другие наглядные учебные материалы можно найти в их галерее: https://www.makingmolecules.com/handouts