В последнее время самые популярные вопросы про AlphaFold - это научился ли он предсказывать комплексы с лигандами, и что лучше - AlphaFold3, Protenix, Chai или Boltz? В свежем препринте от Skrinjar и коллег проведен аккуратный анализ и обнаружено, что AF3 чуть лучше аналогов, и что все методы довольно плохо работают для молекул, которых не было в обучающей выборке: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2025.02.03.636309v2.full.pdf