Индекс помогает PostgreSQL быстрее находить строки, но при каждой вставке, правке и удалении база обновляет все индексы таблицы. Поэтому индексы «на всякий случай» замедляют запись. Ещё два частых промаха: индекс по полю с парой значений и неверный порядок колонок в индексе из нескольких полей.
Возьмите один медленный SELECT-запрос и запустите
EXPLAIN ANALYZE: команда покажет реальный план, число прочитанных строк и затраченное время. Если большая таблица сканируется целиком ради малой выборки, проверьте, соответствует ли индекс условиям запроса. Разбор семи ошибок индексации даёт SQL-примеры, способы найти неиспользуемые или занявшие лишнее место индексы и варианты исправлений.