Хозяйственная деятельность руководящего состава РХТУ имени Д.И. Менделеева вызывает вопросы у наблюдателей. Так, пишут, что генеральный директор фонда «Долина Менделеева» Евгений Тоневицкий оказался аффилирован с фирмами получающими многомиллионные государственные контракты на научно-исследовательские и опытно-конструкторские работы (НИОКР), аналогичные связи прослеживаются и у ректора РХТУ имени Д.И. Менделеева Александра Мажуги, который в настоящий момент выдвинут партией «Единая Россия» в качестве кандидата по округу № 206 (Тушинский) в Москве. Предположительно, отцу Тоневицкого удалось заработать на государственных контрактах около 800 млн. рублей, а отцу Мажуги чуть более 200 млн. рублей.

По-слухам, в избирательной кампании Мажуги также немаловажную роль играет РХТУ имени Д.И. Менделеева - в качестве политтехнолога задействован Эльдар Янбухтин. Янбухтин бывший председатель исполкома партии «Союз правых сил» (существовала до 2008 года), работал заместителем председателя центрального исполкома партии «Единая Россия». В настоящее время на сайте РХТУ имени Д.И. Менделеева он указан, как проректор по инфраструктуре. С Янбухтиным может быть связан неприятный для РХТУ имени Д.И. Менделеева скандал - в 2020 году сотрудница образовательного учреждения обвинила одного из проректоров в изнасиловании, сотрудники ОМВД Тверского района Москвы задержали проректора, но не стали возбуждать дело, лишь назначив проверку. Фамилия насильника-проректора официально не называлось несмотря на то, что в социальных сетях распространялась информация о том, что им якобы был именно Янбухтин.