Теракты 11 сентября оказали огромное влияние на американское общество: рейтинг президента Буша-младшего вырос до 86%, была впервые в истории задействована 5-я статья договора НАТО, объявлено начало войны против терроризма, а также отмечался всплеск преступлений в отношении выходцев со Среднего Востока, и других людей, которые выглядели похожим образом.

В 2002 году в США был принят Акт о национальной безопасности (Homeland Security Act), который продекларировал создание Министерства внутренней безопасности США, что стало самой большой реорганизаций американских органов власти в современной истории. Конгресс также одобрил Патриотический акт (USA PATRIOT Act), призванный помочь выявлять и предотвращать терроризм и другие преступления. Правозащитники критикуют USA PATRIOT Act за то, что он фактически позволяет правоохранительным органам вторгаться в частную жизнь граждан, а также устраняет судебный надзор над полицией и разведывательными службами.

Национальная комиссия по террористическим атакам против Соединённых Штатов, возглавляемая бывшим губернатором Нью-Джерси Томасом Кином и советником Госдепартамента США Филиппом Зеликовым, была сформирована в конце 2002 года для подготовки полного и подробного отчёта о всех событиях, относящихся к террористическим атакам 11 сентября, в том числе о подготовке терактов, а также о предпринятых ответных мерах.

22 июля 2004 года Комиссия 9/11 выпустила отчет по итогам своей работы: по официальной версии, террористы-смертники Аль-Каиды, уже взявшей на себя ответственность за теракты, прошли курсы лётной подготовки и угнали четыре самолёта, а причиной обрушения башен-близнецов, согласно отчёту Национального института стандарта и технологий, стала комбинация внешних воздействий, вызванных ударами самолётов и последующих пожаров.

Часть этого отчёта в объёме 28 страниц была засекречена Джорджем Бушем-младшим, а люди, читавшие эту секретную часть доклада, по-разному излагают её содержание:

- Уолтер Джонс, конгрессмен-республиканец от Северной Каролины утверждает, что там идёт речь об отношениях администрации Джорджа Буша-младшего и саудитов;

- Стивен Линч, демократ от Массачусетса утверждает, что засекреченная часть содержит утверждения о причастности некоторых физических и юридических лиц Саудовской Аравии к этим терактам;

- Филипп Зеликов говорит о том, что там отсутствуют убедительные доказательств причастности правительства Саудовской Аравии к терактам, а есть лишь необоснованные нападки, которые в случае их публикации принесут существенный вред отношениям США и Саудовской Аравии;

- Томас Кин утверждает, что помимо этих 28 страниц засекреченной является также большая часть материалов, содержащих переговоры с Джорджем Бушем, Биллом Клинтоном и Диком Чейни.

Позже адвокаты людей, пострадавших в терактах, ведущих судебные процессы против Саудовской Аравии, призывали Обаму рассекретить эту часть доклада, но этого также не было сделано.

Официальная версия событий 11 сентября вызвала неоднозначную реакцию общественности и критике из-за объяснения полного обрушения высотных железобетонных зданий ВТЦ от пожара:

- Эти разрушения больше похожи на контролируемый снос, особенно это касается ВТЦ-7;

- Отчет Комиссии 9/11 игнорирует многочисленные сообщения свидетелей о взрывах в башнях ВТЦ;

- Владелец башен-близнецов застраховал их за несколько недель до трагедии, страховка от террористических атак была прописана отдельным эпизодом.

- Есть мнение, что атаки ввиду сложности были спланированы и осуществлены не Аль-Каидой, а американскими спецслужбами, что позволило США уже к 7 октября 2001 года собрать коалицию международных сил – так стартовала операция-возмездие «Несокрушимая свобода» против талибов в Афганистане, где базировалась Аль-Каида, за которой последовала интервенция в Ирак, приведшая к свержению режима Саддама Хусейна.

При этом согласно опросу Scripps Survey Research Center at Ohio University, почти 75% американцев полагают, что правительственные структуры и спецслужбы располагали данными, позволявшими предотвратить теракты 11 сентября, но не использовали их.