Внезапно узнал, что можно передавать массив искомых значений в аргументе $criteria метода EntityRepository::findBy(). Он автоматически будет преобразован в выражение IN(...).

Пример:

$em->getRepository(Question::class)->findBy([
    'id' => [
        '82f06c7f-7513-464d-972d-857fb169f86a',
        '25ee6a8d-72b8-449f-9409-cdb545b28f5b',
    ],
]);

В документации можно найти на странице https://www.doctrine-project.org/projects/doctrine-orm/en/2.6/reference/working-with-objects.html#by-simple-conditions по фразе If you pass an array of values.

Надеюсь, в отличие от меня вы и так это знали и не создавали почем зря query builder.