Ребята в Пыхтелке напомнили про Symfony PHPUnit Bridge.

В этом пакете есть SymfonyTestsListener, который в том числе умеет учитывать депрекации при тестировании. Его необязательно использовать с simple-phpunit, можно со стандартным phpunit. Подробнее о подключении и настройке читайте в документации.

Спасибо @chi_teck и @andrewDemb.