PHP использует два механизма управления памятью: счётчик ссылок (refcount) и циклический сборщик мусора (GC).
Каждая переменная хранит zval с refcount — счётчиком, сколько переменных ссылаются на это значение. Когда refcount падает до 0, память освобождается немедленно.
Проблема возникает при цикличных ссылках:
php$a = [];
$a[] = &$a; // $a ссылается сама на себя
unset($a); // refcount стал 1, а не 0 — утечка
После unset refcount не обнуляется, потому что объект ссылается на самого себя. Простой счётчик это не поймает.
Для таких случаев PHP (с версии 5.3) имеет cyclic garbage collector. Он периодически запускается (или при достижении порога ~10 000 потенциальных "мусорных" zval'ов) и обходит граф ссылок, выявляя изолированные циклы.
Управление вручную:
gc_collect_cycles(); // принудительный запуск
gc_disable(); // отключить, если GC мешает производительности
gc_enable();
gc_status(); // статистика
На практике — актуально в долгоживущих процессах (Swoole, RoadRunner, воркеры), где объекты с взаимными ссылками (например, parent/children в дереве) могут постепенно съедать память. Решение — либо weak references (WeakReference::create($obj)), либо явная очистка связей перед unset.