И что тогда делать?

Вообще-то выход — есть. И в этом случае даже не нужно прибегать к манипуляциям.

Нужно просто... использовать вид графика, в котором значения кодируются не длинами элементов, а их положением

Это может быть точка, засечка, линия.

Вот пример такого графика у Т—Ж. Тоже близкие числа, тоже построен не от нуля.

Но обманчивого впечатления тут нет.