سرفصل‌های کارگاه تخصصی داکینگ مولکولی 🧬🔬

1. آماده‌سازی فایل‌های ساختاری مولکول‌های زیستی 📂
دریافت و استخراج ساختارهای سه‌بعدی از پایگاه‌های معتبر
خالص‌سازی، حذف لیگاندها و آب‌های کریستالی و اصلاح ساختار ✨
بهینه‌سازی انرژی و آماده‌سازی فایل‌های ورودی با فرمت‌های مناسب برای داکینگ ⚙️

2. آشنایی با نرم‌افزارها و سرورهای پرکاربرد در داکینگ 💻
آموزش انجام داکینگ با AutoDock Vina و PyRx
معرفی سرورهای تحت وب HDOCK و ClusPro 🌐
بررسی مزایا و معایب روش‌های مبتنی بر دسکتاپ و وب

3. تحلیل نتایج داکینگ و آماده‌سازی داده‌ها برای مقالات علمی 📊
استخراج مقادیر Binding Affinity و بررسی وضعیت پوزها (poses) 📉
تحلیل برهم‌کنش‌ها با استفاده از نرم‌افزارهای Discovery Studio, LigPlot و سرور PDBsum 🔍
تهیه تصاویر گرافیکی، جدول نتایج، و نوشتن بخش مربوط به داکینگ در مقالات 📝

4. تحلیل انواع برهم‌کنش‌های زیستی در مطالعات مولکولی 🔗
بررسی برهم‌کنش دارو و پروتئین: مطالعات هدف‌یابی دارویی و مهارکننده‌ها 💊
بررسی برهم‌کنش دارو و اسید نوکلئیک: شناسایی ترکیبات متصل‌شونده به DNA/RNA 🧬
بررسی برهم‌کنش پپتیدهای دارویی و پروتئین‌ها: کاربرد در طراحی مهارکننده‌های پپتیدی
بررسی برهم‌کنش واکسن‌های پروتئینی و گیرنده‌های ایمونولوژیک: شبیه‌سازی ایمنی‌زایی و اتصال به گیرنده‌های پروتئینی 🛡️