CDP это протокол которому вы доверяете, поэтому, там где вы не доверяете, на границе вашей сети, например, CDP и другие доверенные протоколы надо отключать. А ещё вспомнить про безопасность на L2 и контролировать загрузку портов и CPU политиками, если они есть. Про STP говорить не буду, оно и без постороннего воздействия может привести к катастрофе, если не настроить. Упоминаемый инструмент Yersinia.