Что не так с Certificate Transparency в двух частях: сложно и не решает тех проблем которые задумывался решать, являясь костылём к базовой системе доверия сертификатам в вебе. В какой-то мере это, конечно, помогает, но в итоге вы всё равно остаётесь наедине с доверием между вами, вашим браузером, центрами сертификации и прозрачности.