В июне 1926 года произошла первая реорганизация пограничного отряда. В его состав вошла трёхвзводная манёвренная группа, предназначенная для ликвидации вооружённых банд, поиска и задержания нарушителей границы.

В 1935 году был создан дивизион морских судов – и охрана охинских нефтепромыслов.

В 1938 году из состава отряда были выделены три манёвренные группы (Дербинская, Александровская, Охинская), отдельная батарея и 12-й авиаотряд для укомплектования 79-й горнострелковой дивизии.

В годы Великой Отечественной войны сахалинские пограничники несли усиленную охрану государственной границы на Сахалине, участвовали в боях против фашистской Германии. С июля 1941 года командованию 52-го пограничного отряда были подчинены созданные на Северном Сахалине истребительные батальоны.

В августе 1943 года из отряда на Сталинградский фронт была направлена группа снайперов во главе с лейтенантом А. В. Дударенко. За мужество и героизм, проявленные в боях при освобождении г. Риги в 1944 году, пограничному полку, сформированному из пограничников-сахалинцев, было присвоено почётное наименование «Рижский».

В августе 1945 года личный состав пограничного отряда участвовал в Южно-Сахалинской операции, в том числе в прорыве Котонского укрепрайона. Погранотряд провел 22 боевые операции.