В 1943-м Владимира Подопечникова призвали в ряды Красной армии, а через два года он принял участие в Южно-Сахалинской наступательной операции против японских милитаристов. В составе передвижной радиостанции обеспечивал связью сначала командира 79-й стрелковой дивизии Ивана Батурова, а затем генерал-майора Алимова, командира подвижной группы, первой вступившей в Тоёхару (Южно-Сахалинск), и ставшего комендантом города.

Продвижение наших войск проходило под дождём, через леса и болота, в которых тонули танки. Технику приходилось зачастую вытаскивать на руках. Его самого физические ранения миновали, но душевные раны он получил, впервые в жизни увидев смерть и увечья.