Командир, получив данные радиоперехвата о присутствии других вражеских кораблей, оценив полученные повреждения, принял решение затопить крейсер, чтобы он не достался врагу. 42 человека под командованием мичмана А. П. Максимова остались на крейсере для снятия вооружения и ценного оборудования. Остальные 278 человек с обозом отправились в пост Александровский, чтобы оттуда отправиться на материк. 7 августа 1904 года в 23 часа 30 минут команда открыла кингстоны, крейсер лёг на грунт, преградив вход в порт для вражеских кораблей. На следующее утро японский крейсер «Читосэ» предпринял попытку окончательно уничтожить крейсер – войдя на рейд Корсакова, выпустил по выступающим из воды частям крейсера и городу около 100 снарядов. Батарея Максимова из 4-х орудий, снятых с «Новика», приняла бой. Истратив все снаряды, орудия взорвали и направились к Соловьёвской позиции на соединение с отрядом полковника Арцишевского. После занятия японцами Сахалина начались интенсивные работы по обследованию корабля, а с конца мая 1906 года – и по его подъёму. 16 июля корпус был отбуксирован в Хакодате. Вскоре на буксире «Канто-мару» и двух других кораблей его отвели в Иокогаму, а затем перевели для восстановления в Ёкосуку.

В середине 1908 года крейсер вступил в строй японского флота как «Судзуя». Лишённый после ремонта прежнего хода, корабль ничем не выделялся среди типичных японских крейсеров 3-го класса и остаток дней провёл на службе в Рёдзюнко – бывшем Порт-Артуре. Подвиг русского крейсера не был забыт, и на Сахалине его именем названы посёлок, гора и мыс, установлены памятники и памятные знаки в Корсакове и селе Новиково.