Долгое отсутствие начальника острова Кононовича накануне его отставки вконец развратило сахалинскую чиновничье-бюрократическую верхушку. Всюду царили произвол и бесконтрольность. Видя такое попустительство, распоясались нижние чины – смотрители и надзиратели. Пьянство и разгул стали явлением заурядным.

Мерказину, дворянину, воспитаннику кадетского корпуса, боевому офицеру, претили установившиеся на острове порядки, и он взялся за их переустройство.

Издевательство над каторжанами до Мерказина стало делом обыденным. За любой малейший проступок арестант подвергался жестокому наказанию плетьми.

Красноречивым фактом, который о многом говорит, является «Онорское дело». Беззакония, издевательства и зверства, творившиеся на строительстве дороги, привели к тому, что только с мая по ноябрь 1891 года погибло от голода, побоев и пропало без вести около сотни человек.

С каторги ежегодно бежали более 300 человек. Отчаявшиеся люди не останавливались ни перед чем. Они переплывали Татарский пролив в утлых гиляцких лодках и уходили на материк.

Все эти авгиевы конюшни пришлось разгребать 58-летнему Владимиру Дмитриевичу Мерказину.

С большим усердием сахалинский губернатор не бросал на произвол судьбы бывших каторжников, вышедших на поселение, как это было раньше, а оказывал им посильную поддержку. И результаты не замедлили сказаться. За годы правления Мерказина возникло столько же новых селений, сколько их появилось за все предыдущие годы.

Яркий пример – возникновение селения Троицкое в 1894 году.

В это время на Сахалине возросло число хозяйств. Увеличились площади посевов колосовых, развивались рыболовство, торговля и связь, появились новые пути сообщения. Продолжилось строительство магистральной дороги Онор – пост Корсаковский.

Мерказин строил школы, открыл музей. Он стремился оживить культурную жизнь острова, сделать ее просвещенной.

Вместе с некоторыми чиновниками и врачами он стал инициатором создания Сахалинского музея.

Издание сахалинских календарей стало еще одним не менее заметным вкладом Мерказина в островную культуру. В течение 1895-1899 годов в Александровске вышло четыре книги объемом не менее трехсот страниц каждая. Они имели названия «Сахалинский календарь» и «Материалы к изучению острова».

Генерал Мерказин за 4 года своего правления на Сахалине не допустил ни одной казни.

В 1897 году первый губернатор Сахалина получил длительный отпуск и покинул остров. В 1898 году после выхода в отставку с производством в генерал-лейтенанты Владимир Дмитриевич жил в Петербурге. Умер он в дачном пригороде Озерки и похоронен в Петербурге на Волковском кладбище.