Для раннего выявления рака предложено использовать мультимодальный анализ внеклеточной ДНК методом TAPS

В исследовании опубликованном в Nature Communications (https://www.nature.com/articles/s41467-024-55428-y) рассматривается использование анализа циркулирующей опухолевой ДНК (ctDNA) с использованием анализа крови для раннего обнаружения различных видов рака. Представлен метод, использующий глубокое всегеномное секвенирование с TET-ассистированным пиридин-бораном (TAPS), который является менее разрушительным по сравнению с традиционными методами и позволяет одновременно анализировать геномные и метилированные данные.

Методология TAPS продемонстрировала высокую диагностическую точность для различных видов рака, достигая чувствительности 94,9% и специфичности 88,8%, в том числе за счет математической обработки данных.

По мнению авторов, данная методология готова к дальнейшей клинической проверке для улучшения диагностики и мониторинга раковых заболеваний.

Значимые p-значения (< 5%) указывающие на присутствие ctDNA, были вычислены для:
• 29 из 36 образцов плазмы колоректального рака,
• 7 из 8 эзофагального рака,
• 5 из 6 образцов рака поджелудочной железы,
• 5 из 5 образцов рака почек,
• 4 из 4 образцов рака яичников,
• 2 из 2 образцов рака молочной железы.
Это привело к общей чувствительности до 85,2%. Положительные результаты охватывали как ранние стадии рака (1 и 2), так и поздние стадии (3 и 4). Медианные мультимодальные оценки возрастали монотонно с увеличением стадии рака, а анализ ROC с использованием синтетических данных указывает на AUC в 86% при долях ctDNA всего 0,7%.

Необходимо отметить, что охват исследования не был достаточно широким: всего было изучено 61 образец, из которых достаточно малое количество представляло собой ранние стадии рака (1-2 стадия). Значимо полное отсутствие выявленных метилированных ДНК у 9 образцов здоровых людей. Однако, такая небольшая группа сравнения не соответствует по статистической мощности для сравнения со всей группой, а количество исследованных образцов каждого отдельного рака недостаточно для дальнейших выводов о применимости метода в клинической практике.

Очень красноречивым видится распределение образцов на приведенном рисунке.

Данное исследование демонстрирует что потенциал данной методологии для раннего обнаружения и мониторинга рака существенно ниже чем у маркера низкодифференцированных клеток CA-62, а число ложноположительных результатов по расчетам будет выше как минимум в три раза за счёт 85% против 95% специфичности.