В mysql при inline-объявлении внешнего ключа в CREATE TABLE, никакой FK не создается и сослаться можно на любые колонки, даже не имеющие unique констрейнта!

create table b (id int references a(id));

И это поведение не зависит от движка таблицы. При дампе DDL это свойство не будет отображено.

Создать внешний ключ можно только для движков innodb и ndb одним из 2 способов:

create table c (id int, constraint foreign key (id) references a(id));

или

alter table b add foreign key (id) references a(id);