Bodo & Mecit: Gefangen im Viren-Narrativ
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"Und der letzte Trick wird gelüftet" Die Kritik der Sequenzierung [Teil 3/4]

Fehlerquellen in der Genomsequenzierung

Die Fehlerquellen der Sequenziermethoden sind vielfältig. Nur einige Beispiele:

🔘 Fehlerhafte Sequenzlesungen der DNA, wobei die Fehlerquote bei Nanopore auch heute noch um ein vielfaches höher ist als bei NGS, und zum Teil auch heute noch bei 10% liegt.

🔘 Alle Methoden benötigen ohne Referenzgenom eine Assemblierung, die immer fehleranfällig ist (Beispiel SARS-CoV-2 Trinitiy / Megahit Ergebnisse).

🔘 Sequenzkomplexität: Nanopore-Geräte haben Schwierigkeiten, bestimmte DNA-Strukturen zu sequenzieren, insbesondere solche mit hohem GC-Gehalt. Dies kann zu unvollständigen oder fehlerhaften Sequenzinformationen führen.

🔘 Der DNA-Extraktions-Prozess

🔘 Die DNA wird in zufälliger Reihenfolge sequenziert. Es ist unbekannt, ob ein bestimmtes Fragment vom Anfang, der Mitte oder dem Ende eines Genoms stammt.