Как и обещали, вот ответ на пост. Да, в коде есть ошибка.

Объяснение:
df.loc[...]['B'] = 99 loc создает временную копию и присваивание не повлияет на исходный DataFrame

Исправление:

df.loc[df['A'] > 1, 'B'] = 99

#CodeDetective_MLinside