Наталью Эстемирову похитили утром 15 июля 2009 года возле её дома в Грозном. На следующий день СК прокуратуры России сообщил, что тело правозащитницы с пулевыми ранениями в голову и грудь было обнаружено 15 июля в лесополосе в 100 метрах от федеральной автодороги «Кавказ» вблизи села Гази-Юрт Назрановского района Ингушетии.

Её убийцы до сих пор не найдены и не наказаны.