یکی از زیباترین بخش‌های مطالعاتی توی بیوانفورماتیک،‌ درک ساز و کار الگوریتم‌های مختلف برای انجام کارهای به خصوصه. صدها الگوریتم جذاب بیوانفورماتیکی که مدام هم به تعدادشون اضافه میشه و مغز آدم رو به درد میارن موقع مطالعه (جذابیتش در همینه که سخته 😂). اگه بدونین فقط برای Alignment کردن توالی‌‌ها، چندتا الگوریتم بیوانفورماتیکی وجود داره، مغزتون سوت میکشه. هرکدوم هم ویژگی‌های خاص خودشونو دارن.

از چند سال پیش که شروع کردم به مطالعه این الگوریتم‌ها، یه دنیای جدید پیش روم قرار گرفت و انگار در مورد هر آنالیز و کار بیوانفورماتیکی، خیلی خیلی شفاف‌تر می‌تونستم فکر کنم. البته که به واسطه گستردگی بیوانفورماتیک، منطقی نیست تمام این الگوریتم‌ها رو زیر و رو کنیم، اما بسته به فیلد کاریمون، اگه فقط چندتا از مهم‌هاشون (توی فیلدی که مشغول به کار هستیم) رو خوب مطالعه کنیم و از ساز و کارشون سر در بیاریم، متوجه میشیم چقدر در مورد یه سری چیزا اشتباه فکر می‌کردیم و باید چطور به مسائل نگاه کرد.

باگ اصلی پروژه‌های بیوانفورماتیکی که بچه‌های با بیس بیولوژی انجام میدن،‌ پیروی از یه سری پروتکل آماده بدون توجه به منطق پشتشونه. بسیار بسیار بسیار بسیار بسیار و بسیار بسیار بسیار چیزای مختلفی رو مازاد بر فقط انجام اون کار میشه مطالعه کرد. صد البته که این موضوع به خاطر تنبلی فرد نیست و خیلی‌ها دوست دارن که بخونن، اما نمی‌دونن از کجا و چطور... سعی می‌کنم براتون از ساز و کار چندتا از الگوریتم‌های مختلف هم بگم تا منطق پشتشون رو بهتر درک کنید.

دنیای جذابیه...