Бессовестно украденная у Kjetil Golid идея, у меня реализация проще, в оригинале коробки не пересекаются.

Традиционного 3д тут нет, хотя изначально полигоны, образующие коробки, заданы точками с 3мя координатами, затем точки образуюшие полигоны повернуты так, чтобы проекция коробки с одинаковыми сторонами(куба) на плоскость экрана была гексагоном, а дальше координата по z просто не используется, кажется так проще посчитать чем в 2д.

Следующим шагом псевдослучайные коробки расставлены в ячейки гексагональной сетки так, чтобы они складывались в нечто напоминающее кубы, для этого пространство в котором формируются кубы тоже разбито по сетке, в ячейках этой сетки формируется набор из коробок, который повторяется в каждой(или не каждой😅) ячейке.