7 ноября с гостевой лекцией на семинаре "Complex networks" на факультете математики выступит заведующий Международной лабораторией статистической и вычислительной геномики, д. ф.-м. н. Владимир Львович Щур

Тема лекции - "Популяционная генетика, коалесцентная теория и предковый граф рекомбинаций"

Анонс от автора:
“За последние 15 лет мы столкнулись с беспрецедентным ростом генетических данных, в особенности – полногеномных последовательностей и древней ДНК. Скорость этого роста значительно превышает закон Мура о доступности вычислительных ресурсов. Доступные нам геномы хранят в себе большое количество информации об истории и эволюции популяций, но на данный момент мы сталкиваемся с методологическими и алгоритмическими проблемами при анализе столь большого объема данных. В докладе я кратко расскажу о секвенировании и сборке геномов, чтобы дать общее представление об источниках ошибок прочтения. Затем будет построена коалесцентная модель – одна из важнейших моделей в популяционной генетике, описывающая филогенетические деревья как марковский процесс с непрерывным временем. Далее мы обсудим, как обобщить эту модель на рекомбинирующие организмы, в частности человека. Объекты этой модели – предковые графы рекомбинаций (ПГР), являющиеся специальным случаем направленных ациклических графов. ПГР являются «святым Граалем» популяционной генетики, так как заключают в себе информацию как о глобальных популяционных параметрах (например, скорости миграции, время разделения популяций), так и о локальных эволюционных параметрах (сила отбора и траекторий частот генетических вариантов). Тем не менее как предсказание таких графов из экспериментальных данных, так и их использование для оценок параметров – сложнейшая задача из-за комбинаторной сложности множества ПГР. Я расскажу о существующих решениях, а также обозначу возможные направления дальнейших исследований"

Лекция начнётся по обычному расписанию семинара "complex networks" 7 ноября в 16:20 в 110 кабинете. Планируется, что мероприятие будет состоять из лекции и обсуждения, на всё про все разумно закладывать 2 пары. Если вы не ходили/не ходите на семинар, но собираетесь прийти на лекцию - это только приветствуется, но, пожалуйста, предварительно напишите @samoylo, чтобы мы понимали масштаб бедствия