☑️ مازلب

📊چطور می‌توان به صورت رایگان به داده‌های بیان ژن (RNA-seq و Microarray) دسترسی داشت؟😎

🌟در این پست از سری پست های آموزشی، قصد داریم شما را با انواع دیتابیس‌های معتبر  و رایگان جهت دسترسی به داده‌های RNA-seq و میکرواری که ابزارهای ضروری هر پژوهشگر سیستمز بایولوژی هستند، آشنا کنیم 🤩

1️⃣ دیتابیس GEO (Gene Expression Omnibus):
این دیتابیس  زیرمجموعه NCBI است و شامل داده های خام و پردازش شده از نوع مایکرواری و RNAseq برای انواع مختلف بیماری ها، رده های سلولی، گونه های مختلف موجودات است.
🔗 لینک دیتابیس GEO

2️⃣دیتابیس GDC (Genomic Data Commons)
بزرگ ترین و مهم ترین پروژه این دیتابیس، پروژه  TCGA (The Cancer Genome Atlas) است که انواع مختلف داده های ترانسکریپتومیکس، پروتئومیکس و ... مربوط به 33 نوع سرطان را ارائه می‌دهد و شامل داده‌های RNA-seq نیز می‌باشد.
🔗 لینک دیتابیس GDC

3️⃣دیتابیس ArrayExpress:
یکی دیگر از منابع معتبر برای دسترسی به داده‌های میکرواری و RNA-seq است که توسط EBI نگهداری می‌شود و مانند دیتابیس GEO شامل انواع مختلفی از داده ها از گونه های مختلف می باشد.
🔗لینک دیتابیس ArrayExpress

4️⃣دیتابیس GTEx (Genotype Tissue Expression):
پروژه‌ای است که داده‌های RNA-seq از انواع بافت‌های انسانی سالم را در اختیار می‌گذارد.
🔗 لینک دیتابیس GTEx

5️⃣ دیتابیس cBioPortal:
دیتابیسی برای داده‌های بیان ژن از پروژه TCGA و بسیاری از پروژه های سرطان دیگر. این دیتابیس اینترفیس گرافیکی دارد و غیر از دسترسی به داده ها، برای تحلیل‌های ژنومی بسیار کاربردی است.
🔗 لینک دیتابیس cBioPortal

6️⃣دیتابیس SRA (Sequence Read archive):
یکی از بزرگ‌ترین دیتابیس های شامل داده‌های RNA-seq و DNA-seq و موارد دیگر که توسط NCBI نگهداری می‌شود.
🔗 لینک دیتابیس SRA

7️⃣دیتابیس Expression Atlas:
این دیتابیس زیرمجموعه EBI است و مجموعه‌ای از داده های بیان ژن 66 گونه مختلف از جمله انسان در شرایط مختلف آزمایشگاهی است که برای تحلیل‌های بیماری‌های مختلف کاربرد دارد.
🔗لینک دیتابیس Expression Atlas

8️⃣دیتابیس CCGA (Chinese Glioma Genome Atlas):
یک دیتابیس خاص برای داده‌های ژنومیک و ترنسکریپتومیک مربوط به 2000 نمونه گلیومای مغزی است.
🔗 لینک دیتابیس CGGA

📈 کاربرد دیتابیس‌های معرفی شده:
🔸کاهش هزینه‌های پژوهشی با دسترسی به داده‌های رایگان
🔸فراهم کردن داده‌های رایگان برای چاپ مقالات اورجینال
🔸امکان استفاده از داده‌های متنوع برای کشف مکانیسم‌های زیستی

Maazlab.ir

@maazlab