📖 Как стандарты позволяют повторно использовать данные в науках о жизни

Общедоступные молекулярные базы данных, подобные тем, которыми управляет EMBL, гарантируют, что данные, полученные однажды, можно использовать снова и снова, чтобы задавать новые исследовательские вопросы, а не "прятать" информацию на серверах отдельных лабораторий.

Это эффективный подход к сбору данных, генерируемых наукой, финансируемой государством, и облегчению доступа к ним. В каком-то смысле это похоже на превращение бумажных кип в книги и их систематическую каталогизацию в публичной библиотеке, где к ним может получить доступ любой желающий. Но для этого нужна стандартизация представления информации.

Минимальные информационные стандарты (Minimum information standards) - это рекомендации и форматы для представления научных данных, полученных с помощью высокопроизводительных методов, таких как секвенирование генома. Они обеспечивают одинаковую структуру всех наборов данных, что облегчает их поиск, проверку и анализ исследователями по всему миру. Стандарты также обеспечивают контекст для наборов данных - например, когда, где и как были получены данные или какие виды животных они описывают.

Ученые из EMBL внесли свой вклад в разработку множества минимальных информационных стандартов для различных типов данных. Ниже приведены несколько примеров стандартов минимальной информации, которые сегодня широко используются в научном сообществе:
🔸 MIAME - Minimum information about a microarray experiment. MIAME, запущенный в 2001 году, является одним из первых стандартов данных. Технология микрочипов используется для различных целей в научных и клинических исследованиях, включая измерение экспрессии генов и выявление специфических последовательностей ДНК.
🔸 MIAPE - Minimum information about a proteomics experiment. Чтобы способствовать стандартизированному сбору и распространению данных по протеомике, Инициатива по стандартам протеомики Организации протеома человека разработала руководящие модули для составления отчетов об использовании таких методов, как гель-электрофорез и масс-спектрометрия.
🔸 REMBI-Recommended Metadata for Biological Images разработана в 2021 году для обеспечения возможности повторного использования данных микроскопии в биологии, что особенно важно, поскольку технологические разработки и улучшение доступности биоизображений приводят к увеличению количества данных микроскопии.
🔸 MIADE-Minimum Information About Disorder Experiments опубликована в 2023 году для поддержки исследований белков, которые постоянно меняют свою форму. Около трети всех известных белков считаются неупорядоченными.

Стандарты данных помогают извлечь выгоду из огромного количества данных, генерируемых в науках о жизни. Хотя представление результатов исследований в общедоступные репозитории данных и соблюдение минимальных информационных стандартов может отнимать много времени и сил, это важный шаг в исследовательском процессе, который может помочь данным оставаться полезными еще долгое время после публикации статьи.