В свежем выпуске рассказывается о наборе данных "Морское дно с точки зрения признаков. Всеобъемлющий набор данных по истории жизни макрозообентоса мягких отложений", описание которого было опубликовано в журнале Springer Nature's Scientific Data. На вопросы о работе над набором данных отвечал соавтор исследования Каспер Мейер, кандидату наук в Гронингенском институте эволюционных наук о жизни (GELIFES), факультет естественных и технических наук.
Изначально набор данных создавался авторами для собственного использования. На его составление было потрачено невероятное количество времени, и они поняли, насколько проще было бы, если бы такой набор данных с самого начала был в открытом доступе. Особенно если учесть, что наборы данных о биологических признаках могут использоваться для различных видов анализа, например, для выявления и мониторинга изменений под воздействием антропогенной нагрузки. Наличие таких данных в свободном доступе особенно важно, когда необходимо быстро принимать решения для управления. Поэтому с ноября 2023 года созданный ими набор данных выложен в открытый доступ в репозитории DataverseNL.
Как объяснил Каспер Мейер,
Мы выбрали репозиторий DataverseNL, так как обычно всегда используем его для архивации данных при публикации статей. Репозиторий предоставляет уникальный идентификатор цифрового объекта (DOI) для набора данных, который можно использовать для прямого цитирования набора данных и повышения удобства поиска при использовании другими пользователями.
Авторы хотели создать набор данных, который будет легко использовать другими пользователями, и старались как можно точнее следовать принципам FAIR. Поэтому они искали способ его публикации, который повысил бы его доступность и позволил бы самим авторам подробно рассказать о его содержании, использовании и подводных камнях такого использования.
Соответственно, авторы быстро пришли к выводу, что лучше всего будет опубликовать набор данных рядом с рецензируемым описанием данных в журнале с открытым доступом Scientific Data. Это помогло бы найти набор данных, а также сделать его доступным, поскольку это журнал с открытым доступом. Авторам особенно понравилось, что этот журнал не устанавливает никаких ограничений на текст в разделе "Методы", что позволило максимально подробно описать набор данных и его содержимое.
Для обеспечения совместимости авторы структурировали набор данных в широко используемом в науке формате для анализа биологических признаков, и в разделе "Использование данных" дескриптора данных можно выделить несколько исследований, описывающих общий рабочий процесс с этими типами данных. Это также облегчает повторное использование набора данных, так как в описании данных подробно объясняется сбор и структура набора данных.
Думаю, самой большой сложностью был формат самого дескриптора данных. Это не обычная научная статья, поэтому было интересно написать что-то, с чем вы не знакомы. Это действительно заставляет задуматься о том, как структурировать и описать свой набор данных, чтобы сделать его более доступным для других пользователей.
- пояснил Каспер Мейер.
Также авторы разработали и создали приложение Shiny, в котором хранится и обновляется их набор данных. Это приложение позволяет пользователям выбирать и загружать последнюю версию набора данных или предыдущую версию для воспроизведения и анализа.
В настоящее время набор данных включает 235 видов, но в него может быть включено гораздо больше.
Другие исследователи могут добавлять свои таксоны в набор данных, присылая авторам данные и ссылки, которые затем будут включены в очередное обновление, что позволяет приложению Shiny стать центральным узлом для распространения стандартизированного набора данных.