Новости из 1С:Зазеркалья: в 8.3.13 при удалении расширения со своими данными платформа предупредит об этом + появится режим деактивации расширения (расширение перестанет работать, но его структуры данных в ИБ сохранятся).

https://wonderland.v8.1c.ru/blog/razvitie-mekhanizma-rasshireniy-konfiguratsii/