Yersinia pestis относится к роду Yersinia, семейству Yersiniaceae, порядку Enterobacterales. В общем это классическая энтеробактерия, эволюционно очень близкая к другой йерсинии Yersinia pseudotuberculosis йерсинии псевдотуберкулеза. Она чрезвычайно устойчива к фагоцитозу благодаря трем факторам агрессии - капсульному антигену F1, белкам Yops и протеазе Pla.

Чтобы начать производить антитела иммунитет должен получить образцы переваренных бактерий из фагоцитов, но этого не происходит из-за сопротивления бактерии фагоцитозу. Это приводит к очень быстрому нарастанию численности бактерий. Их число так велико, что они образуют пробку в хоботке зараженной блохи. Блоха пытается питаться, но не может и вынужденна часто менять донора страдая от голода, что ведет к более частым заражениям.

Природный жизненный цикл включает в себя только грызунов и блох. Человек является случайным элементом цепи. Заражаться можно от самих блох, от контакта с тканями грызунов. От других людей можно заразить при легочной форме чумы.