Почему метод clone объявлен как protected?

Метод clone() по умолчанию объявлен как protected, чтобы ограничить возможность клонирования объектов.
Если бы метод был public, то любой код мог бы клонировать объекты класса. А это не всегда желательно по соображениям безопасности и корректности программы.

С protected доступом клонирование разрешено только внутри класса и его наследников. Таким образом разработчик класса может сам решить, будет ли класс поддерживать клонирование и как именно оно будет реализовано в методе clone().

Делая клонирование protected по умолчанию, Java принуждает разработчика сознательно разрешить клонирование класса путем переопределения метода clone() как public в самом классе.
Это позволяет более гибко контролировать возможности клонирования в каждом конкретном классе.