Почему нежелательно использовать Thread.stop()?

Thread.stop() считается нежелательным для использования, потому что он не является безопасным. Остановка потока приводит к разблокированию всех мониторов, которые он заблокировал. Если какие-либо объекты, ранее защищенные этими мониторами, находились в несогласованном состоянии, другие потоки могут видеть эти объекты в несогласованном состоянии. Такие объекты называются поврежденными. Когда потоки работают с поврежденными объектами, может возникнуть произвольное поведение.

Вместо использования Thread.stop() рекомендуется использовать согласованный механизм, такой как interrupt.