#مقاله_جدید_ما

🔬📊 خوشحالیم که مقالهٔ جدید ما در مجلهٔ
Scientific Data
منتشر شد.

عنوان مقاله:

A dataset supporting Combinatorial Proteome Integral Solubility/Stability Alteration Analysis (CoPISA)

چکیده:

🧬 درمان‌های ترکیبی به‌طور گسترده‌ای برای درمان لوسمی میلوئید حاد (AML) استفاده می‌شوند؛ بااین‌حال، داده‌های نظام‌مند دربارهٔ پاسخ‌های پروتئومی به تیمارهای چنددارویی همچنان محدود هستند.

⚙️ در این پژوهش، ما CoPISA را معرفی کردیم؛ یک آزمون پروتئومیکس کمی برای بررسی تغییرات حلالیت و پایداری پروتئین‌ها در پاسخ به درمان‌های دارویی منفرد و ترکیبی.

💊 این مجموعه‌داده شامل پاسخ پروتئومی چهار ردهٔ سلولی AML شامل MOLM-13، MOLM-16، SKM-1 و NOMO-1 به دو ترکیب دارویی LY3009120–sapanisertib و ruxolitinib–ulixertinib است. آزمایش‌ها در شرایط کنترل، تیمار با داروی منفرد و تیمار ترکیبی، هم در قالب لیزات سلولی و هم در سلول‌های دست‌نخورده انجام شدند.

🧪 با استفاده از پروفایل‌گیری حلالیت حرارتی و روش TMT-based multiplexed LC–MS/MS، در مجموع ۱۶ آزمایش TMT16-plex شامل ۱۹۲ فایل خام LC–MS/MS تولید شد که پوشش عمیقی از پروتئوم را در شرایط مختلف درمانی و آزمایشی فراهم می‌کند.

📁 این منبع شامل داده‌های خام و پردازش‌شدهٔ پروتئومیکس، فراداده‌های دقیق آزمایش‌ها در قالب Sample and Data Relationship Format (SDRF) و اسکریپت‌های بازتولیدپذیر برای نرمال‌سازی reporterها، تجمیع در سطح پروتئین، مدل‌سازی آماری و طبقه‌بندی الگوهای پاسخ ترکیبی است.

💡 طراحی این مطالعه امکان شناسایی پروتئین‌هایی را فراهم می‌کند که به‌طور اختصاصی به درمان ترکیبی پاسخ می‌دهند و همچنین امکان مقایسهٔ اثرات مشترک داروهای منفرد را فراهم می‌سازد. اعتبارسنجی فنی نیز تکرارپذیری کمی‌سازی را در آزمایش‌های multiplex و قالب‌های مختلف آزمون تأیید کرد.

🧠 این مجموعه‌داده می‌تواند به‌عنوان یک منبع مرجع برای مطالعهٔ پاسخ پروتئوم به ترکیب‌های دارویی، مقایسهٔ پروفایل‌های حاصل از لیزات سلولی و سلول‌های دست‌نخورده، توسعهٔ روش‌های محاسباتی برای شناسایی اهداف ترکیبی و آموزش در حوزهٔ پروتئومیکس محاسباتی مورد استفاده قرار گیرد.


📖 مقالهٔ کامل را از طریق این لینک مطالعه کنید.

@JafariLab