#مقاله_جدید_ما

🔬📊 خوشحالیم که مقاله جدید ما در مجله
Nucleic Acids Research
منتشر شد!

عنوان:

Boolean logic links chromatin accessibility states to gene expression variability across cell types

چکیده:

🧬 داده‌های چنداُمیکی این امکان را فراهم کرده‌اند که دسترسی‌پذیری کروماتین و بیان ژن به‌صورت هم‌زمان بررسی شوند و از این طریق، منطق تنظیمی cis-regulatory بهتر فهمیده شود. با این حال، رویکردهای موجود عمدتاً بر همبستگی‌های دوتایی تمرکز دارند و از حالت‌های ترکیبی و چندجایگاهیِ دسترسی‌پذیری که تنظیم ژن را در شرایط وابسته به بافت و نوع سلولی کنترل می‌کنند، غافل می‌مانند.

⚙️ در این مطالعه، ما چارچوب محاسباتی ocrRBBR را معرفی کردیم؛ روشی که از ترکیب نواحی باز کروماتینی (OCRs) قواعد بولیِ قابل‌تفسیر استخراج می‌کند تا تغییرپذیری بیان ژن را در انواع سلول‌ها توضیح دهد.

💡 با اعمال ocrRBBR بر داده‌های paired ATAC-RNA، هزاران قاعده بولی مرتبط با ژن‌های اختصاصی تبار و ژن‌های housekeeping شناسایی شد. نتایج نشان داد که ژن‌های اختصاصی نوع سلول به قواعدی کمتر اما انتخابی‌تر وابسته‌اند که از تعداد بیشتری OCR، از جمله enhancerهای دوردست، سیگنال می‌گیرند. در مقابل، ژن‌های housekeeping به قواعد بیشتر و ساده‌تری متکی‌اند که OCRهای کمتری را درگیر می‌کنند.

🧠 تحلیل غنی‌سازی عملکردی نیز نشان داد که ژن‌های تحت کنترل این قواعد اختصاصی، در مسیرهای تعیین‌کننده تبار سلولی غنی شده‌اند. در مجموع، ocrRBBR یک چارچوب مکانیکی، قابل‌تفسیر و زیست‌­شناختی برای رمزگشایی منطق ترکیبی cis-regulatory از داده‌های چندوجهی ژنومی ارائه می‌دهد.

📖 مقاله کامل را از طریق این لینک مطالعه کنید.

@JafaRiLab