Не открывай сразу десять вкладок. Начни с трёх быстрых проверок.
uptime - Показывает нагрузку и помогает понять, сервер тормозит давно или проблема появилась только что.free -h - Проверяет оперативную память и swap. Если свободной памяти почти нет, процессы могут начать ждать диск.df -h - Показывает заполненность файловых систем. Когда заканчивается место, начинают странно вести себя логи, базы и сервисы.После этого уже смотри конкретный процесс и логи, иначе легко чинить не причину, а первый симптом.
Какую команду запускаешь первой?